Dogen fue uno de los grandes difusores y maestros del zen. Nació en Kioto en el año 1200, descendiente de un emperador del siglo X. Desde niño hubo de enfrentarse al rostro amargo de la vida, porque perdió a su padre cuando sólo tenía tres años. Una década después entraría a formar parte del monasterio del monte Hiei.
Era un jovencito inquieto y muy interesado por la literatura. Las enseñanzas que le eran impartidas le resultaban insuficientes en su búsqueda de la última realidad. A partir de 1217, guiado por el maestro Myozen, comenzó a ejercitarse a fondo en la meditación zen.
En su afán por hallar enseñanzas directas que le condujeran a la sabiduría, dejó el monasterio de Hiei y se trasladó al de Kenninji. En el 1223 Dogen viajó a China en su afán de conectar con el budismo más original. Allí se formó con el maestro Ju-tsing (escuela Soto) y practicó el za-zen («meditación» en japonés) bajo su dirección; pero unos años después abandonó al maestro chino para, por indicación de éste, dedicarse de lleno a la propagación de la enseñanza.
De vuelta a Japón, comenzó a impartir enseñanzas en diferentes templos de Kioto y cada día iban aumentando sus discípulos, hasta que hubo de construirse el formidable templo de Eiheiji en 1248, sede principal de la escuela Soto.
Dogen no dejó de insistir en la necesidad de la práctica del za-zen o meditación sentada como vía para recuperar el auto ser o naturaleza iluminada que yace en uno mismo. Dogen declaraba: «El despertar sobreviene con la práctica. Por eso el despertar no tiene límite. Asimismo la práctica viene del despertar y por eso la práctica no tiene conocimiento.»
La escuela Soto, junto con la escuela Rinzai, se erigiría como una de las más importantes, y fue ganando adeptos tras la muerte de Dogen, que se produjo en su amada Kioto el 28 de agosto de 1253.